En la actualidad, Canal de Isabel II abastece a casi 6 millones de habitantes de la Comunidad de Madrid. Para proporcionar el importante volumen de agua necesario para ello, se cuenta con las aportaciones de 7 ríos de la sierra del Guadarrama: Alberche, Guadarrama-Aulencia, Guadalix, Manzanares, Lozoya, Jarama y Sorbe, utilizándose también los principales acuíferos de nuestra región: el detrítico terciario y las calizas de Torrelaguna.

El agua captada en los embalses es conducida hasta las estaciones de tratamiento para su potabilización. Desde estas plantas hasta el grifo del usuario, la Empresa dispone de una serie de instalaciones que aseguran el mantenimiento del servicio de forma continuada y con la presión requerida: depósitos reguladores, estaciones de elevación y redes de distribución.

El agua para el abastecimiento a la Comunidad de Madrid que gestiona Canal de Isabel II tiene, ya en su origen, una excelente calidad, tanto en las aguas superficiales como en las subterráneas. Para asegurar e incrementar esta excelente calidad a nivel sanitario y organoléptico, la Entidad tiene establecido un estricto programa de vigilancia, desde el origen hasta su entrega al consumidor.

En 1985, la Empresa comenzó a construir las estaciones depuradoras de aguas residuales, cuya finalidad última es la devolución del agua a los ríos, tras su uso en los núcleos urbanos, en óptimas condiciones, reduciendo al máximo su nivel de contaminación. En la actualidad, tras el convenio firmado con el Ayuntamiento de Madrid en 2005, gestiona la totalidad de la depuración de la región.